习近平总书记在庆祝改革开放四十周年大会上的讲话中，总结改革开放的经验，其中一条就是必须坚持辩证唯物主义和历史唯物主义世界观和方法论，正确处理改革发展稳定关系，并且要求在改革中增强战略思维、辩证思维、创新思维、法治思维、底线思维，加强宏观思考和顶层设计，坚持问题导向，聚焦我国发展面临的突出矛盾和问题。这是现阶段全面深化改革所需要掌握的科学方法论。根据这一方法论，在经济体制改革进程中，必须坚持加强党的领导和尊重人民首创精神相结合，坚持“摸着石头过河”和顶层设计相结合，坚持问题导向和目标导向相统一，坚持试点先行和全面推进相促进，既鼓励大胆试、大胆闯，又坚持实事求是、积极稳妥，坚持方向不变、道路不偏、力度不减，确保改革开放行稳致远。
1.顶层设计和“摸着石头过河”相结合
在中国这样的大国进行改革，不能在根本性问题上出现颠覆性错误。一是必须坚持改革的正确方向，即坚持中国特色社会主义发展道路，既不走改旗易帜的邪路，也不走封闭僵化的老路；二是改革不能走回头路，特别是以建立社会主义市场经济体制为方向的市场化改革，公有制为主体多种所有制经济共同发展的基本经济制度，按劳分配为主体多种分配方式并存的基本分配制度，利用国际国内两种资源两个市场的对外开放，等等。这些都是改革过程中取得的来之不易的成果，如果否定这些改革成果走回头路，犯颠覆性错误，就会招致严重的后果。
上述方向明确的改革需要“摸着石头过河”和顶层设计相结合，而且，基于两个方面的原因，更要强调顶层设计。一是新时代全面深化改革是要针对难的、存量的、关系全局的制度进行改革。这意味着我国的经济体制改革已经进入了深水区，需要“涉险滩”，骨头越来越难啃，不仅要避免出现颠覆性错误，还要以人民满意为准绳，因而更需要顶层设计，更需要加强党的领导。二是40年来，经济领域某些旧体制被“破掉”但还没有“立出”新的体制，今后需要突出建设性要求，着力于构建起系统完备、科学规范、运行有效的制度体系，使各方面制度更加成熟更加定型，这些制度上的“立”，都需要通过加强党的领导、强化顶层设计来实现。
强调顶层设计并不是否认“摸着石头过河”的必要性，“摸着石头过河”就是大胆探索。改革开放之初，没有现成的经验可循，传统的理论、固有的观念束缚和禁锢了改革的手脚，在此情况下确实需要“摸着石头过河”，其具体表现就是解放思想，尊重群众首创精神，不断摸索逐步明晰经济体制改革的市场化方向和路径。进入新时代，全面深化改革虽然方向已经明确，但仍需大胆探索，即“摸着石头过河”，因为具体的改革形式和路径不可能完全事先确定。例如，完善产权制度和完善资源的市场化配置，就可能有多种方式，具体哪种方式更有效，还需要继续探索。再比如，为了实现进一步的对外开放，我们需要设立自由贸易试验区进行试验，试点先行就是“摸着石头过河”的重要方式。
归结起来，“摸着石头过河”和顶层设计的结合，就是要把尊重群众首创精神和加强党的领导相结合，就是要求改革有智慧，有创新，步子要稳，注意改革的全面、系统、协同，不犯颠覆性错误。
2.两点论和重点论相结合
改革的辩证思维，体现在习近平总书记关于两点论和重点论的论述中。习近平总书记以市场和政府的作用为例指出，“在市场作用和政府作用的问题上，要讲辩证法、两点论，‘看不见的手’和‘看得见的手’都要用好，努力形成市场作用和政府作用有机统一、相互补充、相互协调、相互促进的格局”。两点论就是一分为二，重点论就是抓住矛盾的主要方面。这种辩证思维运用到全面深化经济体制改革当中，就能克服千难万险，顺利到达彼岸。
回顾40多年来经济体制改革的逻辑，每一次的理论突破都体现着两点论和重点论的统一：社会主义市场经济体制建设涉及政府和市场之间的关系，即两点论，改革的重点是市场化，即重点论；社会主义基本经济制度的改革涉及公有制为主体和多种所有制经济共同发展，即两个毫不动摇，改革的重点是发展多种所有制经济，先是放开并发展多种非公有制经济，后是推进包括公有制经济和非公有制经济在内的混合所有制经济；基本分配制度改革涉及按劳分配为主和按要素分配这两点，改革的重点是按要素分配，先是让要素参与分配，后是完善按要素分配；经济运行体制改革涉及供给侧和需求侧，改革的重点是供给侧，先是去产能、去库存、去杠杆、降成本、补短板，然后是培育新动能，实现新旧动能转换。
坚持两点论，既要根据需要确定改革进程中重点的一方，同时不能偏废非重点的另一方，改革到了一定阶段，矛盾发展到一定阶段，原先非重点的一方可能会转化为重点的一方。明确这一点对实现改革的协同性非常重要。例如，社会主义基本经济制度的改革，起初的重点是发展非公有制经济，改革到了一定阶段，国有经济如不作相应的改革，不仅会使国有经济效益下降，其主导地位也可能丧失，因而改革的重点又逐步转向国有企业改革和国资管理改革。再比如，随着市场决定资源配置的改革逐步到位，更好发挥政府作用的改革就成为重点。
3.改革发展稳定相统一
新时代深化经济体制改革，要坚持科学的世界观和方法论，正确处理好改革发展稳定的关系。
首先，改革是为了发展，发展是第一要务。正在推进的供给侧结构性改革是为了解决供给体系的质量问题，最终是为了解决发展的结构性问题以及发展的动力问题，实际上就是要推进以发展为目标的改革。经过去产能、去库存、去杠杆、降成本、补短板，供给侧结构性改革初见成效。结构性改革不能只是“去”，“去”了之后还要“立”，这就是培育新动能，实现新旧动能的转换。党的十九大报告指出，在中高端消费、创新引领、绿色低碳、共享经济、现代供应链、人力资本服务等领域培育新增长点、形成新动能。就当前来说，有三个问题急需解决，第一，企业是发展的细胞，供给侧结构性改革最重要的是激发企业的活力，减税降费、鼓励创新就是培育发展新动能的有效激励方式。第二，处理好实体经济与虚拟经济的关系，防止脱实向虚是必要的，但不等于说不要虚拟经济，在重视实体经济发展的同时，也需要通过改革实现资本市场的健康发展，继续加大完善多层次资本市场的改革力度。第三，政府不仅要克服市场失灵，还要推动经济社会发展，因此，我国的经济体制改革不但不能削弱政府的作用，一定程度和范围上还要有所加强。
其次，要强调改革的系统性、整体性、协同性。经济体制改革是环环相扣、相互制约的，已往重点突破的改革在局部环节易于进展，但进入到一定深度就可能出现与整体不相协调的地方。按照系统论的观点，改革不能偏废于某一个方面，需要协调推进，从而使整个体制的各个方面协同发挥作用。例如，推进市场在资源配置中起决定性作用的改革，需要更好发挥政府作用的改革与之相协调。市场决定资源配置不是取消政府，而是要解决政府的“越位”和“缺位”问题，形成一个有效率的法治型政府、服务型政府。就政府宏观调控而言，为了给市场更大的作用空间，我们明确了宏观调控的合理区间，如果在合理区间内宏观调控无所作为，宏观经济滑出合理区间不是不可能的，因此需要通过改革来完善宏观调控的逆调节机制，从而更好发挥政府作用。
再次，改革要顺应民心、尊重民意。这既涉及发展，也涉及稳定。改革的目的是要实现以人民为中心的发展，人民拥护不拥护、赞成不赞成、高兴不高兴是检验改革成败的标准。以往的市场经济体制改革，针对的是传统计划经济体制的低效率问题，因而允许一部分地区一部分人先富起来，是顺应当时的民心的。如今，改革进行了40年，其效率提高的正效应得到了充分释放，但其收入差距扩大的负效应却有所显现。进一步深化经济体制改革，需要强调共享发展理念，关注民情、致力民生，要让全体人民共享改革开放的成果。这也意味着新时代的改革更为重视整体推进。